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因應社會快速變化，北醫药学系六年臨床药学組，由國際大師級客座教授協同設計，以美國臨床药学教育為藍本，深化藥物治療及社會药学課程，以因應台灣社會對臨床專科药师之所需。本系及附屬醫院擁有全國最多留美Pharm.D.師資(12名)，药物治疗学導入團隊導向學習，药物治疗学總學分共24學分，內容紮實。進階專科實習以三所附屬醫院為主體，學生得於各專科領域如癌症、感染專科、重症專科等，進行深入臨床药学專科訓練。

药学系以「培育優良药师、力行創新研究、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。药学教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

药学系临床药学组係有關臨床药学治療之學科，著重專科药师之培育與養成，畢業後得以運用臨床药学知能，成為醫療團隊中藥物治療之專家，在各專科領域中，以药师專業服務病人，保障用藥安全。

药学系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床药学、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

一、培养自主学习、强化生物及化学学科能力。
二、探索與了解药学相關之職涯興趣及所需能力、工作內容。
叁、除中文能力的理解表达能力外，须培养英文能力、练习以口语或文字表达个人观点，并能与他人进行沟通与讨论。

本系部份課程如调剂学暨臨床药学等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分课程以小组讨论进行，宣具有人际互动、沟通协调之能力。
部分临床课程须久站以照顾病人、具备抗压能力、与医疗团队沟通、建立医病关係等，必需具备适当之视觉、听觉、口语表达、沟通以及个人安全维护的能力。

全世界僅有药学系畢業的學生可考药师執照，其他科系，例如:化學、生物科技、醫學等，均不具有药师國考資格。在新藥研發、藥廠藥業及醫療機構中，都有極大需求聘用具有執照之药师來執業。臨床药学組於臨床知能之加強，更進一步以培育專科药师為目標。

药学系為唯一畢業後具有參加药师執照考試資格的學系。 藥理學或是生物药学系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考药师執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

六年制臨床药学組有加深加廣臨床药学課程。畢業生多以醫院药师為主要之職涯發展。北醫药学系临床药学组為培育高階人才，建置國外名校學碩雙聯學制或本校學碩一貫學制。

臺大药学系為唯一畢業後，具有參加药师執照考試資格的學系。
药学系畢業生的出路不限於醫院或社區藥局，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間；相較醫學院其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構。

課程中以藥物科學、臨床药学專業科目為主，主要鏈結高中化學與生物課程，物理與數學運用較少。药学系與化工、材料等以化學為重心專業的科系不同，著重有機化學及後續於藥物化學之應用，較非基礎化學原理探究。六年制臨床药学組主要知能為臨床藥物治療，與生物、生理、病理、藥理習習相關。

除了參加药师執照考試資格的相關課程外，臺大药学系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等課程，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的药学知識。

1、药学系临床药学组為六年制。2、師資充足，並有北醫大三家附屬醫院之專科药师群進行臨床药学授課與實習。3、擁有3家附屬醫院(北醫大附設醫院、萬芳醫院、雙和醫院)做為專科實習主要場域，並有部份科別實習可至國內外醫院進行。4.、鼓勵學生出國交流，開放國際药学生於寒暑期來本系實習與交流，並與美國部份大學(例如:南加大、賓州大學、聖約翰大學)設有雙聯學制。5、具有龐大的系友資源，可建立未來社會人脈。

臺大药学系領先全國药学系，提供六年的药学教育，接軌美國Pharm.D.學位，課程設計鼓勵多元化的加深發展，學生可依據性向增加選修：一、醫院/社區臨床药学；二、药学研究；三、藥廠/藥商；四、藥政管理，以銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。