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生物醫學科技學系生医工程組主要在培育智慧醫療與精準健康產業所需的跨域高階人才，跨域課程包括：生醫、工程、資訊、法規，以問題導向訓練，著重專題實作之總結性整合式課程（Capstone Course），以因應日後生物醫學基礎研究、智慧醫療器材開發、生醫大數據分析、國際人才流動的專業能力需求。

本系课程着重生物医学重要新兴领域，强调训练同学独立进行研究工作的能力。并且开设多项跨领域课程，提供许多海外大学研修及生技产业实习机会，使同学同时具备基础研究与产业应用两方面的优势，毕业后选择继续深造或进入生技产业就业皆可胜任。

生物醫學工程學為橫跨「生物醫學」及「工程科學」兩項領域，歸類工程学类：生医工程，此学类學習層較廣是將生醫材料、生醫電子與資訊、化工、生物醫學、生物資訊等相關科技應用於醫療診斷、臨床治療、人體工學。

本系隸屬长庚大学醫學院，原名為「生命科学系」，因本系較為集中探討基礎生物及醫學相關的領域，並不包生命科学範疇中的植物、生態、保育等議題，因此於99學年度正式更名為「生物医学系」。

本学系是一个跨领域的学科，所以学生需要具备生医科学与工程的基本知识，尤其在材料科学、电子电路、人工智慧与资讯科技等，建议学生以专题研究来加强自己所学的知识，透过自己发现问题，尝试解决回答它，将有助於提升自己的观察力，归纳与融会贯通的能力，同时也能培养动手做的实力，此外，与国际接轨一直是做个材料科技人需要具备的能力，因為需要提升英文的听说读写能力，以降低未来在面临英文授课时的压力。

建議高中生可以積極參與學校自然科學實驗課程, 高中自主學習計畫, 科學性社團或是參加校內外各類科學競賽等, 在這些活動中發掘對生物醫學研究的興趣及潛能。

医学工程学系注重整合工程学知识，致力於医疗器械、影像技术等设备的开发与改进，强调工程技术在医学中的应用。生物科技系则侧重於生物科学研究，包括分子生物学、细胞生物学等，并应用於制药、生物製程等领域，专注於生物产物的製造和开发。

本系沒有植物、生態、保育等相關課程，著重生物醫學相關課程及跨領域的應用學程，與純以研究為主的生命科学系不同。本系與醫學院緊密合作，研究及應用領域皆以醫學為主，和較少基礎研究科目的生物科技系也不一樣。而生物技術系，大多為培養醫檢師的科系，和生命科学類的科系本就不同。
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医学工程侧重于医疗器械和技术的研发，整合工程和医学知识以提升医疗水準。医事技术则着眼於临床实务，包括护理、放射科技等，提供病患基本照护。两者在医疗领域中扮演不同但相互补充的角色。

生医系毕业并不是只能做研究，本系着重培养学生成為跨领域人才，同学毕业后就业的机会宽广，除了参与学术研究机构，也可加入生物科技产业的市场分析与开发或是临床试验公司，比他系毕业生更具优势。生医系学生虽不能考医事人员执照，但是可以报考学士后医学系或学士后中医系，也可报考公职。
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医学工程系学生注重工程技术应用，学习电子、机械等相关科目，并透过实验和研究解决医疗技术问题。医事技术系学生着重临床实务操作，学习如护理、放射科技等，强调在现场照护病患的应用。两者分别强调工程技术和临床实践，各自在医疗领域扮演重要角色。

生醫系最大的特色就是跨領域和自由選擇, 除必修課程外, 學生可以自由選擇四個學程(生医研究专业学程, 临床试验专业学程, 生技产业专业学程和全英生物資訊專業學程)進行修習。也就是, 你可以進來之後再決定對哪個方向有興趣, 甚至同時修不同學程課程, 只需最後選定其中一個學程畢業即可。
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本系為跨领域的学系，所以特别适合喜欢动手做实验与勇於尝试创新的学生，特别是能团队合作与表达能力强的学生。

本系有四個學程, 同學除了修完基本必修學分外, 必須於 「生医研究专业学程」, 「临床试验专业学程」, 「生技产业专业学程」及, 「全英生物資訊專業學程」中擇一修習。本系有第三學期制，利用暑假修課，有機會提早一學期畢業。為鼓勵本校大學部優秀學生繼續留在本校就讀碩士班、博士班，本系的學生可在大三時申請進入本校相關研究所，如順利將可在五年內取得「五年一貫」碩士學位或是「七年一貫」博士學位。