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本系的学术与专业技能训练是以机电工程為基础，结合巨观或微型加工、电子控制、资讯、机电整合、感测
器、微流体控制与自动化等工程技术為主，辅以农业、生物与医学知识，以应用於动物、植物、微生物乃至
於人体健康之相关生技产业上。因此，本系教学目标為培养国家社会发展生物产业所需之跨领域工程人才，
以「机电工程為核心，生物产业為利用」為人才培育之目的。

本系之发展方向与目标，係配合国家政策、产业需求与技术发展趋势而制定。本系规划专业领域包含「精密机械」及「光机电整合」為两大核心领域，使学生不但学有专精，并具跨领域的知识，期能强化学生之应变能力，以适应多元变化的职场需求。

生物产业机电工程学系是結合機械、電機、資訊、機電整合及各種工程科技之跨領域與整合性的工程科學，並以應用於生物產業(傳統農業與新興生物科技)發展所需之工程科技為學習導向。本系以『機電工程為核心，生物產業為利用』為發展目標。

本系「机电工程学系」主要是發展以機械為主之機械與電機整合應用技術，並輔以電子、資訊、光學、材料等相關之技術。

在阅读各个基础学科与知识时，除了基础的原理外，需要更深究其应用面，如何应用这些基础知识解决生物产业的问题，此外，因為学科内容丰富且具一定广度，因為需要具备归纳与融会贯通的能力，可以透过参加科学专题来加强这项能力，透过自己发现问题，尝试解决回答它，将有助於提升自己的观察力，归纳与融会贯通的能力，同时也能培养动手做的实力，此外需要提升英文的听说读写能力，以降低未来在面临英文授课时的压力。

在阅读各个基础学科与知识时，除了基础的原理外，需要更深究其应用面，如何应用这个基础知识在材料的製程与应用上，此外，因為学科内容丰富且具一定广度，因為需要具备归纳与融会贯通的能力，可以透过参加科学专题来加强这项能力，透过自己发现问题，尝试解决回答它，将有助於提升自己的观察力，归纳与融会贯通的能力，同时也能培养动手做的实力，此外，与国际接轨一直是做个材料科技人需要具备的能力，因為需要提升英文的听说读写能力，以降低未来在面临英文授课时的压力。

本系教育目标更着重在实作与工程学科知识的整合，相较於机械系、电机系或资讯系等工程科系，更兼具能与生物技术领域专家沟通之基础知识。学习课程内容方向与医学工程系、生物工程系有部分相同，但本系的应用场域并不局限於人体医学，而是以传统生物产业与新兴生物技术领域為应用标的。

本系「机电工程学系」主要是發展以機械為主之機械與電機整合應用技術，特別強調跨領域技術(機、電、資、光、材等)的整合，有別於傳統機械系與電機系的教學內容與研究模式，更能培養符合產業需求之機電整合人才。

生物产业机电工程学系雖源自農業机械工程學系，再增加機電整合與生物產業化的訓練，讓學生更易進行跨領域學習，能擁有更多行業選擇的條件。

虽然本校為师范大学，具有培育老师的传统，但本系学生的毕业出路中九成以上都是在产业界担任工程师的角色，与一般大学机电系、机械系的毕业学生无异。不过仍保留让有意从事教学工作的学生可以修习教育学分。

本系学习内容包含学习机械设备设计与实作加工、学习机电系统整合与控制与生物技术产业化相关基础知识。由於具有机电整合控制与生物技术产业化相关知识的学习，让生机系与机械系很不同。也因应用对象在生物产业(如动物科学、经济作物、微生物、新兴生物技术等)，与医工系不同。

有些高中生可能认為机电系学习的内容是机械与电机的整合，但可能造成机械专长比不上机械系毕业生，电机专长比不上电机系毕业生。其实机电系的毕业学生不仅具有「机电整合」开发能力，也可以成為产业上机械与电机专长人员间的沟通桥樑。

學生除了在力學、電學與生物學相關課程的訓練外，在大學階段需選擇【设备设计与实作】、【系统整合与控制】、【生物技术与产业应用】等学群的相關課程。

多数人仍对师大有既定印象，认為来师大就读是為了成為老师，师大已转型多年，且本系為师培及非师培并行学系，意即本系提供学生多元选择，可选择继续升学、未来进入职场工作；亦可选择成為老师，进行相关之师培训练。
就业方面，本系毕业生多进入半导体、电子、面板、光电、精密机械、工具机产业等，如台积电、日月光、台达电、友达、群创、鸿海、大银微系统...等；或是公部门如：中研院、工研院、中科院、仪科中心...等。