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以化学方法訓練學生學習研讀醫藥相關科學的系所，醫藥化学組偏重醫藥及其應用相關的化学研究，凡與藥品研發合成、生醫材料、生醫與食品檢測、生物體內的化学反應…等等，都是本系/組研究的方向。本系強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本學系在台灣之化学領域排名第5-10名，私立大學之首。

應用化学結合化学基礎知識與相關實用技術，本系以實用與理論並行為原則，作為聯繫基礎化学研究及教學和產業等科技發展的橋樑，培養優秀化学應用人才。經與化学相關產業公司合作，結合教育與產業資源，採取階層式課程架構、產學協同教學、多元教學、整合學程教學方式，培育出具专业能力、溝通表達、合作創新與知行合一核心能力的化学創新人才。另外，本系有全國獨創之半導體製程學程，培育出不少半導體產業所需人才。

醫藥化学組偏重醫藥化学相關的化学研究，學習藥品研發合成、生醫材料與食品檢測技術、從化学分子微觀角度理解及研究各項醫學疾病治療的原因與解決之道。

应用化学系是以原子或分子的微觀角度來研究各種現象的科學，藉由學習化学化合物的結構與性質，合成化学化合物的實驗過程，研究化学反應的產物結果分析與物質中各種化合物的成分分析，進而從事提升化学產業需求，包含相關技術升級與新穎產品的應用與設計，以改善日常生活的品質。

1. 數理課堂中了解原理並練習發問。
2. 實驗課程中仔細觀察, 思考並紀錄。

高中生除了修習化学相關必修與選修課程外，建議從事化学或自然相關探究與實作並製作學習歷程記錄。

本系醫藥化学組比一般大學化学系更著重於訓練學生在藥物開發與合成的專業。醫藥化学組主要是訓練學生從化学的角度觀察並思考生物化学、藥物設計、合成、作用機轉、鑑定等專業知能，旨在培育具新藥設計與合成相關專長之化学家，在學習的過程中會著重於有機合成等相關知識。
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应用化学系與化学系和化工系皆學習並討論化学化合物的組成與其應用，但其差別為何? 化工系的訓練強調化学工廠的設計與操作，主要是應用化学原理創造產品，而化学系的主要訓練在實驗室裡研究化学的基礎理論與開發新的化合物與新的合成方法，应用化学系則兼具兩者的優點，不但學習化学基礎知識，也強調利用相關知識創造新穎產品。

雖然諾貝爾做炸藥賺了很多錢，不過化学的不是只能做炸藥而已。化学是現代科學的根基，基礎打得好，可應用在各類產業。醫藥暨应用化学系非僅限醫藥相關產業，出路比一般化学系與醫藥相關科系更為寬廣，除生技製藥外，高科技產業研發（如台積電）亦可勝任。
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应用化学系學生畢業只能到學校當老師？當研究員？還是當化工工程師?其實，那只是其中一些選擇，其他出路的可能性也頗為多元。例如：業務、公職、半導體或光電材料製程工程師、檢測技術人員、設備維修與服務工程師、產業經營與管理、品保與品管工程師等任何與化学相關的產業即可。

化学是所有科學的根基，換句話說，學化学只要基礎打得好，其實可以應用在所有的產業以及學科上。系上鼓勵學生跨領域學習、積極參與老師研究，為未來生涯累積基礎。
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一般人容易對學習应用化学系的未來只能從事化学實驗人員於實驗室內做實驗的印象。本系的研究領域涵蓋基礎化学知識與其實務應用，例如: 半導體製程與分析、化学儀器分析技術、新穎電池與光電材料設計與合成、奈米科技技術開發與應用、傳統化学與石化、生物與醫藥化学相關應用等相關實務相關議題。

本系學生訓練強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本系在台灣之化学領域排名第5-10名，私立大學之首。本系成立於民國79年，並於89年及93年分別成立碩士班及博士班，迄今超過2000名畢業生，分別在學術界、生技製藥業與高科技行業中嶄露頭角。
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