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慈济大学医学系的教育目的為培養術德兼修、關懷生命、擁有大愛與利他之情懷，善於溝通、重視團隊合作，樂於承擔社會責任，並具備主動及終身學習的能力，以奠定医学生成為良醫之基礎。
教學特色：1.「無語良師」課程；2. 系統模組化教學； 3. 精緻的臨床技能中心；4. 跨院區整合之教學、研究；5.典範的床邊教學。

本系每年招收50位學生，修業年限為七年。本系規劃中醫臨床技能教室、中藥實習教室、人文小站、中藥調劑室等，提供完整學習空間。課程規劃中、西医学並重，與医学系有相同學習資源，基礎與臨床緊密銜接，臨床實習皆可於長庚體系內訓練。非外加名額入學學生，第一學年成績平均達70分以上者得申請医学系為雙主修，每年有48個雙主修名額，畢業後得報考中医师與医师兩張執照。畢業校友在職場的表現深受病患與雇主肯定，就業無虞。

医学系修業年限為六年，課程以四大架構規劃-1.醫預科階段：基礎科學的紮根；2.基礎医学：以器官系統導向之模組，基礎医学搭配臨床情境之介紹，以銜接臨床課程；3.臨床實習：一般医学核心能力，增加病人照護學習；4.医学人文：整合不同深度及內涵之医学人文、倫理及溝通。

中医学系是以修習傳統中医学為主的一門医学，內容涵蓋中医学各分科領域，如內科、婦科、兒科、針灸科及骨傷科等。同時結合現代医学的學習，一方面傳承及發展傳統医学、促進中醫藥現代化，另一方面培養優秀的中、西医师及醫藥研究人才。

强化基础科学知识，训练组织推理与多元思考能力，培养自主学习、主动积极的思维与态度，加强英语阅读理解能力，尝试同理他人心理，培养关怀尊重生命、成就大我的态度。

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医学系畢業生具有報考医师執照國家考試資格，通過國家考試取得医师資格後可從事醫療工作，實際執行醫療行為；医学科學及生命科學相關科系則多以從事生物医学相關研究工作為主。

中医学系與医学系，均是以臨床醫療服務為導向的科系，差別在中医学系主要以傳統中医学修習為主，並提供一定容額的同學雙主修医学系，進而得以兼修現代医学所有內容。即便是單修的同學，亦能確保於求學過程中獲得完整的現代医学知識。與医学系相較，能多獲得傳統医学的知識與技能，同時雙主修者亦能考取医师執照。

一般人可能認為医学系畢業生只能擔任医师的行業，其實不然，許多医师也致力於教育，學術研究，生醫創新，甚至人道救援等面向，成為各領域之菁英；但是要擔任医师，絕對需要就讀医学系並順利畢業。

中醫系畢業只能當中医师嗎?事實上，长庚大学中醫系每學年有48個名額可以申請雙主修医学系，因此，雙主修畢業後除了能考中医师執照之外，亦可在通過中医师考試後報考西醫執照。日後根據考取執照及生涯規劃，可於中醫或西醫間擇一執業。

外界常以為一進入医学系就讀，便需要選擇未來所要從事的醫療專科。實際不然，医学系修業規劃為期6年，內容包含基礎医学與臨床医学相關知識與技能的學習，在實習階段，医学生仍需經歷各主要臨床科別的學習，期間可以依興趣自選部份科別實習，畢業後也需接受包含各主要臨床科別畢業後一般医学訓練後，才會決定執業專科領域。

讀中醫要背很多中藥、方劑、經絡、穴位，是不是記憶力要很強？其實只要是唸医学類組都需要強大的記憶力，不單是中醫要背、西醫的解剖、病理、藥理等也都需要記憶。當然如果能掌握背誦的脈絡，有助於學習記憶，對日後臨床的運用也更能得心應手。

慈济大学医学系雖為宗教團體支持所建立的大學，僅將宗教的濟世救人的情懷作為學習與涵養的內涵，因此入學與畢業門檻皆無宗教要求或限制，慈济大学的眾多師長，包括前任校長，以及臨床医师皆非佛教徒，慈济大学為師生多元化的綜合大學。

中医系是不是上课都用文言文？其实中医概念贯串在从古到今的许多生活经歷及书本内容中，因此会随着时空背景变化而与时俱进，教学部分亦然。在学习过程中，入门教科书是以重新编排的白话文為主，后续针对各个古代医家或典籍的理解，则作為学习的延伸。当然对古文的掌握度越嫻熟越容易理解医家的论述，但却非看不懂文言文就无法读中医系，文字只為载道，古代医家的着述也是重在说理、而非引经据典的抝口古文，应不致造成学习的障碍。