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設立宗旨：培育具專業知能與慈濟 人文精神的药学專業人才
1.培育兼具药学專業與慈濟人文素養；具備關懷生命與大愛利他精神高品格药师。
2.提昇東部地區药学專業，改善東部藥事人力，保障國人用藥安全。
3.培育善於沟通、勇於承担、重视团队合作并终身学习能力之药师。

本系成立於民國59年，為我國第一個提供职能治疗師養成教育的單位，目前也是全台唯一具有完整职能治疗教育包含大學部、碩士班與博士班的學系。師資專長涵蓋生理障礙、心理障礙、兒童發展障礙、長期照護、視覺復健等領域。半數以上教師更曾獲得本校的教學傑出或教學優良獎項，因此可對學生提供完整而優質之职能治疗教育。本系學士班的教學目標在於培育具有專業學識與技能之职能治疗師，並具有終身學習、專業倫理及人文關懷之內涵。

培養具專業知能與慈濟 人文精神的药学專業人才。從藥物科學(Discovery)、轉譯药剂学(Development)至臨床药学(Clinical)三方面進行課程設計與專業药师養成計畫。本系願景為培育兼具药学專業與慈濟人文素養之高品格药师；提昇藥事人力與用藥安全。

职能治疗(Occupational Therapy)是以「全人」的角度，即同時注重個案的生理、心理、社會層面，透過有「意義」與「目的性」的活動，促進個案功能的提升或恢復，也可藉由環境的調整、選擇適當輔具或教導代償方法，讓個案能順利從事對他們有意義的活動，以提昇個案的安適感與生活品質。

一、重視自然科學、語文領域等的科目。強化化學、生物領域較能理解药学課程內容並較能達到药学知識與藥事技能之核心能力。
二、探究自然科学领域之学习能力、除实作成果更重视探究歷程过程中的反思。
叁、培养自主学习，擅长人际沟通互动、具有利他服务精神。

高中阶段準备方式：在学习基础学科与知识时，除了基础的知识外，需要更深究其应用面，如何应用这个基础知识於真实环境中。此外，因為学科内容丰富且具一定广度，因為需要具备归纳与融会贯通的能力，可以透过参加专题来加强这项能力，透过自己发现问题，尝试解决回答它，将有助於提升自己的观察力，归纳与融会贯通的能力。还有，与国际接轨一直是重要的趋势，提升英文的听说读写能力，以降低未来在面临学术英文时的压力。

僅药学系畢業學生才具備參加药师國考資格，未來可考药师證照。六年制药学系將可同時成為兼具以藥物要為中心之藥物科學專家以及以病人為中心之臨床药学人才。

职能治疗以全人的觀點(同時著重生理、心理、社會層面)及職能活動或代償方法改善患者功能，以增進患者在日常生活、工作與休閒娛樂能力為目標。
物理治疗则是利用声、电、水、冷、热、力、光等物理因子来预防、鑑别、评估、治疗病患的医疗专业，约分四大专科-骨科、神经、呼吸循环、小儿等。
语言治疗师则根据评估结果拟订计画，提供完善的治疗、辅具设计及諮询，帮助病患达到最佳的沟通、吞嚥功能。

畢業後取得药师證照，可擔任臨床药师、社區药师、藥廠药师或新藥研發药师等。亦可從事基礎或臨床药学教學的教師或研究人員等。

职能治疗為健康照護體系不可或缺的專業，职能治疗師不只提供醫療體系之復健服務，更能夠針對個人規劃健康生活型態，以幫助個案預防與減低老化和延緩失能，目前居家职能治疗所、長期照顧機構、學校體系、職業重建單位、輔具中心等，都是本專業的服務場所。
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职能治疗專業強調「以個案為中心」，即治療師依據個案的個別需求提供不同服務，因此學生在學習時不只需背誦專業知識，尚須理解、推理及靈活應用於不同個案。因為本專業主要使用職能活動治療患者，學生亦須學習如何執行各種活動如打毛線、繪畫、摺紙、烹飪等，藉此過程瞭解各種活動的特質及所需能力，以便未來應用於患者。

1.本系药学系為六年學制。
2.本系結合慈濟醫療志業體其他院區(如花蓮、臺北、臺中、嘉義大林、雲林斗六、花蓮玉里、台東關山、苗栗三義等)中的臨床醫師、药学師資群，藉此學習到各院區不同特色的醫藥事照護，能讓慈大药学系學生有更多元、更完整的臨床药学實習場域。

本系課程自1986年通過世界职能治疗師聯盟（WFOT）的課程審核標準，為我國第一個課程通過該機構審查的學系，代表本系課程已達國際水準。
為提升本系之國際化，本系與國外多所學校的职能治疗学系簽訂備忘錄，提供學生機會至國外學校當交換學生。
學生畢業後須通過國家考試，領有职能治疗師證照者，才有資格從事职能治疗相關業務。